Робота спецпідрозділу спрямована на захист життєво важливих інтересів держави і проводиться за такими напрямками: боротьба з проявами корупції в органах влади і управління, правоохоронних і контролюючих органах, протидія контрабанді, злочинам у сфері економіки, боротьба з наркобізнесом, злочинними угрупованнями насильницького спрямування. Специфіку організації роботи визначає зосередження у столиці великого інтелектуального, економічного та науково-технічного потенціалу держави, а також вищих владно-управлінських структур, що мають широкі повноваження у питаннях прийняття рішень і розподілу національних ресурсів.
Наявність значних грошових потоків завжди зацікавлює злочинців. Так, у 1993 році роззброєно організовану злочинну групу, яка взяла у заручники одного з керівників Торгового дому концерну “Правекс”. Злочинці вимагали за його звільнення ЗО тис. доларів США, погрожуючи саморобним вибуховим пристроєм, гранатою та вогнепальною зброєю. Під час проведення спецоперації одного із членів банди було вбито, іншого захоплено.
Того ж року припинено злочинну діяльність організованої групи, що спеціалізувалася на виготовленні фіктивних документів, зокрема закордонних паспортів і віз іноземних держав. Підробки виконувалися на високому рівні й відрізнити справжні документи від фіктивних могли тільки фахівці.
Під час проведення обшуків знайдено хімікати для травлення тексту й багато оригінальних бланків документів (посвідчення водія, дипломи про про вищу освіту тощо). Крім того, у злочинців вилучено велику кількість іноземної валюти, нагороди колишнього СРСР, інші цінності та зброю, що зберігалася незаконно. У 2004 році спецпідрозділом ліквідовано підпільний цех з виготовлення фальшивих банкнот номіналом 20 гривень, розміщений у друкарні на Подолі. “На гарячому” затримано трьох підозрюваних, у яких вилучено підроблені грошові знаки на загальну суму понад 100 тис. гривень. У червні 2005 року спецпідрозділом у двоповерховому особняку на Софіївській Борщагівці виявлено майже 100 нелегальних мігрантів із КНР, метою яких був переїзд до країн Західної Європи. Допомогти їм обіцяли члени транснаціонального злочинного угруповання, які брали по 10 тис. доларів США за кожну переправлену особу. Китайці прибували літаками з Пекіна до Москви як звичайні туристи, але в супроводі спеціально підготовленого члена організованої злочинної групи. Звідти мікроавтобусом за грошову винагороду (50—300 доларів США) їх перевозили через україно-російський кордон і після нетривалого відпочинку в Києві доставляли на західний кордон України. Спостерігали за групою п’ятеро їхніх співвітчизників.
Нелегалів, які відмовлялися телефонувати до родичів і просити гроші, піддавали тривалим тортурам (дехто провів у неволі 120 днів). У результаті порушено кримінальні справи за незаконне позбавлення волі й викрадення людини, захоплення заручників та вимагання. У травні 2006 року спецпідрозділом затримано “на гарячому” хабарника — одного з керівників столичного комунального підприємства, яке опікується нежитловим фондом міста. Чиновник вимагав у підприємця 70 тисяч доларів США за сприяння у вирішенні питання про оренду і приватизацію приміщення в одному з районів столиці. Щоб довести факт злочину купюри довелося помітити. Саме ці банкноти й вилучено у затриманого. Прокуратура м. Києва порушила стосовно нього кримінальну справу.
Загалом протягом 2006 року у сфері боротьби з корупцією та організованою злочинністю за матеріалами спецпідрозділу порушено 165 кримінальних справ, до кримінальної відповідальності притягнуто 38 злочинців. У прибуток держави повернуто понад 52,1 млн. гривень.
