14 февраля 1996 года вместе с рядовыми Андреем Трусовым, Игорем Яковлевым и Александром Железновым заступил на пост. Во время дежурства ими была остановлена машина «Скорой помощи» под управлением бригадного генерала Чеченской Республики Ичкерия Руслана Хайхороева, в которой перевозилось оружие. При попытке досмотра солдаты были захвачены в плен. После обнаружения их исчезновения с поста солдат сначала объявили дезертирами. Милиционеры приходили домой к матери Родионова искать сына после его исчезновения. Версия того, что солдаты попали в плен, была принята после детального осмотра места происшествия и обнаружения следов крови и борьбы.[источник не указан 380 дней]
Евгений Родионов был убит в плену 23 мая 1996 года. По словам матери, в убийстве признался Руслан Хайхороев, в присутствии иностранного представителя ОБСЕ он рассказал: «…У него был выбор, чтобы остаться в живых. Он мог бы веру сменить, но он не захотел с себя креста снимать. Бежать пытался…»[2]. 23 мая, в собственный день рождения, после 100 дней плена и жестоких пыток, Евгению Родионову и его сослуживцам было предложено снять нательный крест и принять ислам. Евгений Родионов отказался снять крест, за что был обезглавлен.
Вскоре после захвата в плен мать Евгения, Любовь Васильевна, приехала в Чечню на поиски сына, как считалось, дезертира. Его командир сообщил ей, что он в плену, но не проявил никакого участия к его судьбе. У матери получилось выйти на связь с Басаевым, тот при всех пообещал ей найти сына, но, когда она вышла из селения, её догнал брат Басаева и жестоко избил до полусмерти, сломав ей позвоночник. В конце концов она была вынуждена заплатить боевикам деньги, чтобы узнать место захоронения сына. Тело Евгения мать опознала по нательному кресту. Позже результаты опознания подтвердила экспертиза.
Крестик Евгения был найден в могиле на его обезглавленном теле, а позже мать Евгения передала его в храм святителя Николая в Пыжах, в котором он несколько лет хранился в алтаре[2].
Похоронен Евгений Родионов в Москве, близ деревни Сатино-Русское поселения Щаповское (Троицкий административный округ) (до 1 июля 2012 года — Подольского района Московской области), возле церкви Вознесения Христова[8].