У період становлення державності України на початку 1990-х років склалися певні умови для виникнення організованої злочинності. У Кримському регіоні цей період характеризувався кривавим “з’ясуванням стосунків” угруповань “Греків”, “Башмаків” та “Сейлему”. Бандити виявляли інтерес до всіх сфер життя — від прибуткових галузей економіки до державної і політичної діяльності. На виборах до органів місцевого самоврядування 1995 року було “просунуто” 44 особи, пов’язані з кримінальними структурами, зокрема лідерів організованих злочинних угруповань.
Тоді ж спецпідрозділом у взаємодії з органами МВС України в Криму і прокуратурою було проведено масштабну операцію щодо дезорганізації діяльності злочинних формувань півострова і локалізації злочинних проявів криміналітету. Лише за три місяці активної фази операції ліквідовано 23 злочинні групи, порушено 129 кримінальних справ, кілька з них — за фактами бандитизму. Заарештовано 40 лідерів злочинних формувань. У затриманих вилучено великі суми грошей, десятки одиниць вогнепальної зброї, боєприпаси й вибухові пристрої, заарештовано рахунки ряду комерційних фірм. У сфері економіки виявлено 746 злочинів, зокрема, факти корупції, розкрадання державної власності в особливо великих розмірах, зловживання у фінансово-кредитній і банківській сферах, а також у сфері приватизації.
Напередодні виборів 2006 року спецпідрозділ одержав інформацію щодо запланованого замовного вбивства двох колишніх злочинних авторитетів, які мали тісні зв’язки в політичних колах. Щоб запобігти скоєнню злочину й унеможливити негативні наслідки дестабілізації ситуації в регіоні, співробітники ГУ СБ України в Криму вжили заходів для нейтралізації злочинців. У лютому 2006-го затримано замовника під час передачі ним виконавцю знарядь убивства — пістолета “ТТ” з набоями.
У 1997-му співробітники спецпідрозділу провели багатоходову операцію з припинення протиправної діяльності міжнародного злочинного угруповання наркоторговців і встановили його організатора — громадянина Туреччини. У результаті вилучено 2,3 кг героїну, який перевозився на теплоході “Буковина” з Туреччини до Євпаторії. А через рік засуджено й організатора злочину до 8 років позбавлення волі.
У 2002 році співробітники спецпідрозділу затримали в Сімферополі членів злочинної організації шахраїв, в яку входило понад 25 осіб. Обдурюючи громадян, вони “розігрували призи” на ринках кримської столиці. Вперше в Україні було порушено кримінальну справу за ознаками скоєння злочину, передбаченого ст. 255 КК України (створення злочинної організації). Розслідувану кримінальну справу передано до суду, за вироком якого бригадири й учасники групи отримали тривалі терміни ув’язнення. Наприкінці 2002 року порушено таку ж справу щодо членів євпаторійського угруповання. Від початку судових слухань до оголошення вироку в квітні 2005 року члени групи були впевнені в тому, що відбудуться легким переляком або умовним покаранням, але вирок суду їх протверезив: від 2,5 до 3,5 років позбавлення волі. П’ятьох підсудних взято під варту в залі суду.
Останнім часом на території Кримського півострова збільшилася кількість злочинів, пов’язаних з незаконним вивезенням предметів культурної та історичної спадщини України. За результатами низки проведених спецпідрозділом операцій, спрямованих на виявлення і припинення спроб незаконного переміщення через митний контроль старовинних монет, видань, предметів побуту, колекція Кримського республіканського краєзнавчого музею поповнилася новими унікальними експонатами. Серед них 45 монет XIX—XX століть, раритетні книги, видані в минулому столітті, а також понад 40 старожитностей, що становлять культурну цінність для нашої держави.
У рамках заходів з протидії організованій злочинності на каналах нелегальної міграції лише у 2006 році порушено 10 кримінальних справ за організацію незаконного переправлення осіб через Державний кордон України, викрито два міжнародні злочинні угруповання.
У 2006 році за матеріалами спецпідрозділу порушено 151 кримінальну справу. До кримінальної відповідальності притягнуто 40 злочинців. У прибуток держави надійшло понад 4 млн. гривень. За матеріалами спецпідрозділу вилучено предметів контрабанди на суму понад 4,3 млн. гривень і 153 кг наркотиків. За результатами розгляду протоколів про вчинення корупційних діянь до адміністративної відповідальності притягнуто 62 посадові особи різних рівнів.
