Враховуючи особливість регіону, спецпідрозділ активно бореться з організованими злочинними угрупованнями, які діють на стикові загальнокримінальної і економічної злочинності, спрямованої на протиправне заволодіння продукцією, матеріальними цінностями та фінансовими ресурсами підприємств базових галузей економіки, коштами державного бюджету і банківських установ, намагаються використати сферу зовнішньоекономічної діяльності для вчинення контрабандних операцій.
У 1999 році викрито злочинну групу громадян Туреччини, які намагалися перемістити через митний кордон України предмети старовини і, зокрема, скрипку невідомого майстра. Одного із членів цього угруповання затримано під час проходження митного контролю. За оцінкою експертної комісії Міністерства культури і мистецтв України, скрипка, виготовлена приблизно у першій половині XIX століття, як історична і культурна цінність не підлягає вивезенню за межі України. Іноземця засуджено. Скрипку передано до Державного симфонічного оркестру Запорізької філармонії.
При ввезенні чергової партії золотих прикрас (понад 1 кг) затримано приватних підприємців — подружжя із Запоріжжя – та помічника капітана теплоходу “Професор Водяницький”. Під час обшуків у квартирах контрабандистів і їхніх знайомих вилучено ще понад 1 кг золотих виробів, підготовлених для реалізації, понад 23 тис. доларів США та майже 5 тис. гривень. Винних засуджено. Золоті ювелірні вироби на суму 220 тис. гривень конфісковано.
Протягом 2000-2003 років найбільш небезпечним елементом організованої злочинної діяльності в області у сфері наркобізнесу став загрозливий рівень корумпованості співробітників правоохоронних органів. Кількох старших офіцерів міліції – співробітників підрозділу БНОН УМВС України в Запорізькій області, які регулярно одержували від місцевих наркоторговців гроші за неперешкоджання їхній протиправній діяльності, у вересні 2003 року було затримано “на гарячому”. Виявлено й вилучено понад 11 кг макової соломки, 3 л ацетильованого опію та понад 20 л прекурсору — розчинника, понад 5 л ацетильованого опію. Ленінським районним судом Запоріжжя зловмисників засуджено до різних термінів позбавлення волі (від 5,5 до 9 років) з конфіскацією особистого майна. У регіоні на певний час припинився організований збут сурогатних опіатів. У підрозділі БНОН УМВС України в Запорізькій області звільнено зі служби 10 корумпованих співробітників.
Під час отримання від директора комерційної структури хабара (1 тис. доларів США) затримано старшого оперуповноваженого відділу податкової міліції, який пообіцяв не проводити перевірку фінансово-господарської діяльності фірми. Податківця засуджено до 5 років позбавлення волі з іспитовим строком 2 роки і позбавленням права обіймати посади в органах влади і органах місцевого самоврядування на 3 роки.
У 2006-му затримано “на гарячому” мешканця Запоріжжя, який збував “клієнтам” чергову партію трамадолу і, як з’ясувалося, регулярно постачав до регіону специфічні медпрепарати і прекурсори. Сховище наркотиків він влаштував у центрі міста в одному з гаражних кооперативів. Під час огляду кількох гаражів, які наркоділок орендував під свій “бізнес”, виявлено й вилучено одну з найбільших в Україні партій психотропних препаратів. За цінами чорного ринку вартість цього “товару” сягнула півмільйона гривень. Порушено кримінальну справу.
Цього ж року попереджено вбивство на замовлення. Саме так 33-річний житель Запоріжжя вирішив помститися своєму колишньому партнерові-бізнесмену за нечесні, на його думку, грошові розрахунки. Життя людини оцінив недорого (кілька тисяч доларів) і почав шукати виконавця — кілера. Однак втілити задум месникові не вдалося: у травні 2006 року організатора вбивства затримали у центрі міста співробітники спецпідрозділу “Альфа” УСБУ в Запорізькій області. У бізнесмена вилучено грошовий аванс для передачі кілеру, фотографії, розклад дня і перелік щоденних маршрутів руху майбутньої жертви. Прокуратура Запорізької області порушила кримінальну справу за ознаками ч. 2 ст. 115 КК України. Вироком Апеляційного суду Запорізької області замовника вбивства засуджено до п’яти років позбавлення волі з конфіскацією особистого майна.
У 2006 році у сфері боротьби з корупцією та організованою злочинністю за матеріалами спецпідрозділу порушено 200 кримінальних справ. У прибуток держави перераховано майже 22,3 млн. гривень. За результатами розгляду протоколів про вчинення корупційних діянь до адміністративної відповідальності притягнуто 40 посадових осіб різних рівнів.
