Основну увагу відділ по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю приділяє протидії корупції в органах влади та управління, правоохоронних, судових і контролюючих органах, організованій злочинній діяльності у сфері видобування, переробки та реалізації енергоносіїв, агропромислового і переробного комплексів, у базових галузях промисловості, кредитно-банківській системі, на каналах зовнішньоекономічної діяльності, торгівлі людьми, відмивання коштів, здобутих злочинним шляхом, правопорушенням у бюджетній сфері, злочинній діяльності наркоугруповань.
Одним з пріоритетних напрямків у діяльності спецпідрозділу є боротьба з організованою злочинністю в нафтогазовидобувній галузі й на підприємствах переробки, збереження та реалізації пально-мастильних матеріалів. Лише у 2006 році порушено шість кримінальних справ, пов’язаних з несанкціонованим відбором вуглеводневої сировини та розкраданням матеріально-технічних цінностей на державних підприємствах. На розв’язанні цієї проблеми оперативники концентрували зусилля і в попередні роки. У 1996-му було викрито факти розкрадання газового конденсату в особливо великих розмірах на одному з підприємств АТ “Полтавагазпром”. До реалізації злочинних намірів були причетні посадові особи підприємства, залізничної станції “Селещина” Південної залізниці та полтавської філії київського спільного підприємства. Тільки протягом двох місяців через рахунки фіктивних фірм було конвертовано від 4 до 8 млн. гривень. У червні 1999 року за вироком Полтавського обласного суду ряд керівників і співробітників підприємств і залізничної станції засуджено за ст. 86-1, ч. 2 ст. 165, ч. 2 ст. 172 КК України до позбавлення волі з конфіскацією особистого майна та відшкодуванням завданих збитків державі.
Посилену увагу приділяє спецпідрозділ протидії організованій злочинності в аграрному секторі економіки регіону, який входить до п’ятірки основних агропромислових областей України. У 1992 році відділом попереджено контрабандне вивезення за межі України 435 т цукру членами злочинного угруповання, до складу якого входили начальник одного з райвідділів УМВС України в Полтавській області та три депутати органів місцевого самоврядування. Харківським обласним судом справу було остаточно розглянуто, фігурантів засуджено на термін від 4 до 11 років позбавлення волі, у прибуток держави стягнуто 110,3 тис. гривень та конфісковано сім автомобілів ВАЗ-2109.
У ході проведеної у 2002 році спецоперації співробітниками відділу БКОЗ припинено злочинну діяльність групи осіб, які організували нелегальне виготовлення і продаж фальсифікованих лікеро-горілчаних виробів. Для незаконного продукування “оковитої” зловмисниками використовувались міні-заводи з розливу готової “продукції”, складські приміщення, підпільна друкарня та мережа торгівельних закладів. За результатами судового розгляду порушеної кримінальної справи чотирьох осіб засуджено до п’яти років позбавлення волі, у прибуток держави конфісковано кошти у вітчизняній та іноземній валюті, два автомобілі, 1600 л спирту.
У 2003 році співробітниками спецпідрозділу припинено діяльність злочинного угруповання зі службовців однієї з фармацевтичних фірм Полтави, яка ввозила із-за кордону фальсифіковані ліки й медичні препарати з простроченим терміном зберігання для реалізації їх в Україні. Щоб збувати продукцію, яка не відповідала чинним стандартам, “фармацевти” за допомогою саморобних кліше робили етикетки з новими датами виготовлення. Небезпечні медикаменти, серед яких були й препарати для дітей, зловмисники намагалися продавати через мережу аптек Полтави та деяких інших міст України (вартість лише затриманої партії “ліків” становила майже 40 тис. гривень). Того ж року в результаті проведення спецоперації припинено протиправну діяльність іншого формування, яке ввозило з Російської Федерації і реалізовувало в обласних центрах України фармакологічні препарати й біологічно активні добавки. Співробітники спецпідрозділу вилучили в одного з учасників групи 136 коробок з біодобавками та етикетками, що призначалися для наклеювання їх на флакони з препаратами.
Не залишається поза увагою співробітники відділу тіньовий регіональний ринок наркотичних і психотропних речовин, сильнодіючих лікарських препаратів. Після вжитих заходів було вилучено найбільшу в історії незалежної України партію психотропної речовини МДМА – 9 тис. пігулок (1,83 кг) на загальну суму 25 тис. доларів США.
Широкого резонансу в суспільстві набула ліквідація спецпідрозділом двох підпільних лабораторій, які виготовляли наркотичні засоби і прекурсори, в тому числі в Полтаві у 2003 році виробляли первитин — синтетичний наркотик метамфетамінової групи, віднесений до особливо небезпечних психотропних речовин.
У 2006 році за матеріалами спецпідрозділу порушено 66 кримінальних справ. До кримінальної відповідальності притягнуто 22 злочинці, до бюджету держави перераховано 1,69 млн. гривень, контролюючими органами стягнуто штрафів на 4,08 млн. гривень.
