Від моменту створення в Управлінні спеціального підрозділу проведено чимало успішних операцій проти кримінальних угруповань. У 1996 році співробітниками Головного відділу по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю знешкоджено злочинне угруповання, яке промишляло рекетом у Маріуполі. Щоб нейтралізувати злочинну групу, правоохоронці організували фіктивну фірму, яка реалізувала продовольчі товари на одному з ринків. У підсумку було заарештовано дев’ять найактивніших членів угруповання, вилучено зброю і великі суми валюти, у тому числі фальшивої. Зловмисників притягнуто до кримінальної відповідальності.
У 2000 році співробітники спецпідрозділу припинили діяльність організованої злочинної групи таджиків, які постачали в Україну героїн афганського походження. На митному пункті “Новоазовськ” затримано громадянина України, причетного до кримінальної діяльності. У його машині виявлено майже кілограм героїну. За рішенням суду наркоділка засуджено до 12 років ув’язнення. Решта членів цієї групи виїхала до Середньої Азії і припинила злочинний бізнес в Україні.
У серпні 2002 року затримано жителя Донецької області, який намагався продати 85-кілограмовий контейнер з радіоактивною речовиною. Випромінювання від контейнера становило понад 2000 мілірентгенів на годину.
Наступного року припинено контрабанду стрілецької зброї і боєприпасів: 14 пістолетів марок Glok, Н&К USP, CZ, Beretta, Walther, Sig, Strey, Kahr і 26 тисяч патронів до них. Цей вантаж у жовтні 2001-го надійшов з Австрії на адресу приватного підприємства, зареєстрованого в Донецькій області.
У 2006 році спецпідрозділом викрито і припинено функціонування каналу контрабанди м’ясопродуктів. На залізничній станції затримано дві механізовані секції (8 вагонів) з вантажем “кісткового залишку”, що надійшов з Угорщини. Експерти встановили: вантаж не мав необхідних супровідних документів, отож при сплаті митних платежів державний бюджет втрачав майже 650 тис. євро.
Співробітниками Головного відділу по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю у 2005 році затримано старшого слідчого районної прокуратури м. Донецька під час отримання частини хабара від працівника податкової міліції за непритягнення його до кримінальної відповідальності. Згодом затримано вже працівника податкової міліції під час отримання ним за аналогічну послугу 2,5 тис. доларів США від приватного підприємця. Обох хабарників засуджено.
Тільки у 2006 році у сфері боротьби з корупцією та організованою злочинністю за матеріалами спецпідрозділу порушено 138 кримінальних справ, з них підрозділами СБУ — 37. До кримінальної відповідальності притягнуто 37 злочинців. У прибуток держави перераховано майже 6,9 млн. гривень. За результатами розгляду протоколів про вчинення корупційних діянь до адміністративної відповідальності притягнуто 138 посадових осіб різних рівнів.
Найбільше порушень виявлено у банківській системі, бюджетній сфері та сферах зовнішньоекономічної діяльності, протидії контрабанді наркотичних засобів, боротьби з організованими злочинними угрупованнями корисливо-насильницького спрямування, у т. ч. причетними до незаконної міграції та торгівлі людьми.
